Recent bouwhistorisch onderzoek heeft geleid tot een grondige herziening van de bouwgeschiedenis van de kerk. Zij werd niet heropgebouwd rond 1500 als hallenkerk, maar is in de huidige toestand het resultaat van een complexe bouwgeschiedenis die opklimt tot rond 1300.

Het oudste deel is het middenkoor met vijfzijdige apsis, die op basis van vormelijke en constructieve kenmerken van de baksteenbouw dateert uit het einde van de 13de of het begin van de 14de eeuw. Dit deel kan zijn gebouwd tijdens of kort na de eerste schriftelijke vermeldingen van de parochie. In 1295 wordt de parochie van Sint-Kruis-Winkel voor het eerst vermeld; in 1298 is er voor het eerst sprake van een parochiepriester.

Kort na de bouw van het eerste koor werden in afzonderlijke bouwfasen zijkoren toegevoegd aan de noord- en zuidzijde. Na deze uitbreiding tot driebeukig hallenkoor werd de kerk verlengd naar het westen. Het middenschip kwam tot stand in de loop van de 14de of 15de eeuw. Het was waarschijnlijk geflankeerd door lagere zijbeuken. De westtoren werd afzonderlijk van het schip gebouwd, maar wel in dezelfde periode.

In de 17de of 18de eeuw werden de zijbeuken verbreed en verhoogd en werd de hele kerk behalve de centrale apsis onder één groot zadeldak gebracht. De kerk kreeg hierdoor het uiterlijk van een hallenkerk, die echter het resultaat is van de verbouwing van een gedeeltelijk basilicale kerk.

Onder het grote zadeldak zijn de middeleeuwse delen nog deels bewaard: de dakkap en de lichtbeuk met spitsboogvensters van het middenschip en de westgevels en resten van de dakkappen van de drie koorbeuken.

Hoewel verborgen achter een verbouwing uit de Nieuwe Tijd is de kerk van Sint-Kruis-Winkel een belangrijk voorbeeld van laatmiddeleeuwse baksteenarchitectuur in het noorden van Vlaanderen.

• DEBONNE V. 2015: Uit de klei, in verband. Bouwen met baksteen in het graafschap Vlaanderen 1200-1400, onuitgegeven doctoraatsverhandeling, Katholieke Universiteit Leuven, Departement Architectuur.
• LALEMAN M. C. & STOOPS G. 2008: Baksteengebruik in Vlaamse steden: Gent in de middeleeuwen. In: COOMANS Th. & VAN ROYEN H. (eds.), Medieval Brick Architecture in Flanders and Northern Europe: The Question of the Cistercian Origin, Novi Monasterii 7, 163-183.
• STEURBAUT P. & VERMEIREN G. 2007: Sint-Kruis-Winkel, Heilig-Kruiskerk, Stadsarcheologie. Bodem en monument in Gent, reeks 2, nr. 1, Gent, 181-189.

Ommuurd, grotendeels geruimd kerkhof omheen de kerk met een collectie aan voornamelijk 20ste-eeuwse graftekens.

Het kerkhof rond de kerk behield de contouren die reeds op het primitief kadasterplan (1830-1833) en de Atlas der Buurtwegen (1841) voorkomen. Buurtweg 16 bedient vanuit het noorden het kerkhof maar liep vermoedelijk door tot aan de hoofdweg ten zuiden van het kerkhof, zoals ook te zien is op Vandermaelenkaart uit 1846-1854. Aan de hoofdstraat was het kerkhof in 1841 vermoedelijk afgesloten door een hek aan pijlers.

Het typische plattelandskerkhof is deels geruimd en vergroend. Het kerkhof is nog steeds met een bakstenen witgekalkte muur omheind. Vandaag bleven vooral tussen de straat en het kerkgebouw graftekens bewaard. De site geeft een goed beeld van het rijtjesdenken uit de tweede helft van de 20ste eeuw. Elders op het kerkhof staan nog verspreide graftekens.

Het historische kerkhof rond de kerk biedt een overzicht van 100 jaar aan vormgeving, materiaalgebruik, stijlen en materialen. Voornamelijk het gebruik van blauwe hardsteen in combinatie met marbriet voor de tekstplaten overheerst. Zowel het zelfstandige kruis als de stèle-met-graftuin, de stèle-met-zerk en verhoogde zerken komen voor.

Tegen de zuidgevel van de kerk, onder een luifel, hangt de witmarmeren grafplaat van de familie delle Faille. De grafplaat werd in 1818 overgebracht uit de Sint-Michielskerk van Gent. Het arduinen podium voor de grafplaat bedekt de grafkelder van de familie. Drie treden leiden naar de plek onder de luifel waar oorspronkelijk een kruisbeeld stond. De houten christus werd door de stadsdiensten van Gent hersteld in 1982-1983 en ter bescherming in de kerk geplaatst. De marmeren grafplaat werd gekopieerd in 2000-2001.

Aan de westzijde van de kerk ligt een perceel met graven van oud-strijders. Ze zijn bijgelegd onder individuele private graftekens met een verschillende vormgeving en herkenbaar aan een schildje met de Belgische vlag. Het perk werd in de loop van 2020-2021 heringericht tot een uniforme herdenkingsplek voor oud-strijders.

Ten noorden van het koor ligt een tweede ereperk waar oud-strijders onder uniforme graftekens werden bijgezet. De graftekens bestaan uit afgeronde stèles met daarop een kruis en een porseleinfoto van de overledene.

Het terreinonderzoek werd uitgevoerd in 2017.